水泥檢查井也存在一些缺點：
一、重量和運輸安裝
水泥檢查井重量較大，這使得它在運輸過程中比較困難，需要大型的運輸設備，并且運輸成本相對較高。在安裝時，需要使用重型機械輔助，對施工現場的條件和設備要求較高。如果施工現場空間有限或者缺乏合適的機械設備，安裝工作將會面臨諸多不便。
二、易產生裂縫
水泥材料受溫度變化影響較大，容易產生熱脹冷縮現象。在溫度變化頻繁或者晝夜溫差大的地區，水泥檢查井可能會出現裂縫。一旦出現裂縫，就會導致地下水滲漏進入檢查井內部，影響其正常功能，并且還可能會對周圍的土壤和地下管線造成破壞。
三、后期維護改造
水泥檢查井一旦建成，后期進行改造或維修相對困難。如果需要對其內部結構進行調整，如增加管道接口或者擴大井室空間，由于水泥材質的堅固性，改造過程會比較復雜，成本也較高。
